Il toponimo Vergiate si è modificato nel corso dei secoli, assumendo varie forme: 'Vareglate', 'Varegiate', 'Verglatum' e potrebbe derivare da una forma sincopata dal latino, 'in veridium agere', ossia adagiato nel verde, oppure da Varus e quindi Varellus, con Ate che significa 'luogo di’ e quindi Vergiate inteso come luogo di Vagello.
Alcune selci e qualche frammento di ceramica risalenti al tardo Neolitico e un insediamento palafitticolo del 2500 a.C., testimoniano la presenza in questo luogo di nuclei abitativi preistorici. Una campagna di scavi effettuata nel 1913, ha portato alla luce vasi etruschi, alcune fondamenta di edifici e una stele con iscrizione nord-etrusca, che fungeva da coperchio di un sepolcro, attualmente custodita nel Museo Archeologico del Castello Sforzesco di Milano.
Diversi i ritrovamenti archeologici degli ultimi anni, da quelli nei pressi della chiesa di San Gallo a quelli nella brughiera di Sesona , che dimostrano la presenza di insediamenti in zona.
L’abitato di Vergiate è infatti inserito nel comprensorio della cultura di Golasecca, ma tra Vergiate e la frazione di Cimbro sono venuti alla luce anche i resti di un’antica villa romana con terme.
E’ quasi certo che la celebre battaglia sul Ticino tra Annibale e i romani del 218 a.C. avvenne nel territorio di Vergiate, sulle colline di Sesona.
Nel Medioevo, come tanti altri comuni limitrofi Vergiate fece parte del Contado del Seprio, per essere poi inserito nel feudo di Somma Lombardo di proprietà dei Visconti ai quali resta fino al 1712. Tra il '500 e il '600 accadono due episodi estremamente significativi per la storia di Vergiate: la visita pastorale nel luglio 1570 dell’arcivescovo San Carlo Borromeo e nel giugno del 1636 il saccheggio del paese ad opera dei soldati francesi sconfitti dagli spagnoli nella battaglia di Tornavento, saccheggio che portò alla distruzione di case e fattorie, ma anche dei documenti storici della Chiesa locale e dei preziosi registri parrocchiali.
Il governo austriaco di Maria Teresa riorganizza l’amministrazione del territorio e dei tributi e grazie al catasto teresiano è possibile conoscere la realtà economica di allora: gran parte delle terre appartengono al Conte di Castelbarco, del ramo dei Visconti, e sono lavorate dai suoi masseri. In quel tempo la famiglia Daverio gestisce il territorio di Vergiate.
Si dice che lo storico palazzo della famiglia Daverio (l’edificio, in prossimità dell’attuale Municipio, ha subito diverse ristrutturazioni ed è ora abitato da diverse famiglie) abbia ospitato per una o più notti anche Garibaldi, ma i Daverio meritano di essere ricordati anche per l’opera di Michele Daverio, noto archivista storico, promotore e curatore, tra l’altro, del primo archivio storico nazionale istituito a Milano nel 1807.
Nel 1865 viene costruita la ferrovia (linea Milano-Sempione).
Nel 1869 vengono ammesse al Comune le frazioni di Corgeno, Cuirone e Sesona, Cimbro viene accorpata nel 1875 (si distacca da Mornago).
Il 26 novembre 1920 scoppia la polveriera delle officine elettrochimiche dr. Rossi provocando tre morti ed enormi distruzioni.
Nel 1924 si inaugura la prima autostrada del mondo, la Milano-Laghi, con uscita proprio nel territorio di Vergiate.
Nel 1935 il terreno occupato dal Polverificio Rossi è acquistato dalla Savoia Marchetti che ci costruisce, a partire dal 1937, il proprio campo di volo e nuovi stabilimenti: questa industria svolgerà un ruolo importante nell’economia vergiatese, soprattutto durante la 2a Guerra Mondiale.
Tra le figure di primo piano della recente storia di Vergiate, troviamo don Enrico Locatelli, parroco arrivato nel 1880, autore anche di una cronaca di storia del paese (Cronicon) che fornisce molte informazioni del periodo che va dal 1880 al 1913, e il cappellano militare padre Oreste Cerri che nel 1945 accoglie i primi orfani di guerra - figli di quegli uomini che aveva assistito spiritualmente sul fronte greco-albanese e russo - iniziando la costruzione del 'Villaggio del Fanciullo' , un complesso che dal 1955 comprende anche un Sacrario in memoria dei caduti e dispersi in guerra.
La quiete del basso Varesotto ha spesso spinto diversi protagonisti della vita culturale italiana a scegliere di risiedervi. Tra questi, Enrico Baj , pittore di fama mondiale, recentemente scomparso, che nella casa-atelier di Vergiate ha creato molte delle sue più famose opere.
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